El sistema inmunitario de la mucosa está en la primera línea de defensa contra los patógenos invasores, pero, al mismo tiempo, debe mantener la tolerancia hacia antígenos comensales y de los alimentos en la luz intestinal. La interacción entre la respuesta inmunitaria innata y los microorganismos comensales es esencial en este proceso. Se han hecho grandes avances para identificar algunas de las predisposiciones genéticas subyacentes para la enfermedad inflamatoria intestinal (EII) en ciertas razas, tales como el Pastor alemán. Se tratan algunos marcadores inmunológicos, tales como la medición de citoquinas, inmunohistoquímica para la expresión de la glicoproteína p, los anticuerpos citoplasmáticos perinucleares anti-neutrófilos y la PCR para reordenamiento de los genes del receptor de antígeno, debido a su utilidad clínica en el diagnóstico y tratamiento de la EII.