La metagenómica es el análisis de comunidades enteras de microorganismos. La capacidad para llevar a cabo este análisis, como por ejemplo a través de pirosecuenciación 454, podría llevarnos a una comprensión más completa del microbioma intestinal y podría utilizarse para ayudar a desarrollar terapias y productos dietéticos eficaces para mantener la salud y el bienestar, tanto para seres humanos como para animales de compañía. Existe un reconocimiento creciente de que la microflora gastrointestinal (GI) tiene un fuerte impacto sobre la salud de perros y gatos y que las poblaciones de microbioma intestinal pueden verse alteradas en la enfermedad GI. Estudios previos han confirmado la presencia de alteraciones en la microflora intestinal en gatos con enfermedad GI. Las comunidades microbianas basadas en los datos de la secuencia de ADNr 16S pueden ser analizadas en muestras fecales múltiples de forma simultánea mediante pirosecuenciación 454 con cebadores con 'códigos de barras' para amplificar secuencias 16S particulares.