Los avances recientes en los métodos moleculares han revelado que el tracto gastrointestinal (GI) canino y felino albergan un ecosistema microbiano muy complejo, que comprende varios cientos de géneros de bacterias diferentes. Estamos empezando a entender cómo estos microorganismos interactúan con el hospedador y, por lo tanto, presentan una influencia que va más allá del tracto gastrointestinal. Este artículo revisa los estudios recientes de catalogación de los filotipos microbianos identificados en el tracto GI de perros y gatos saludables y cómo este ecosistema intestinal está alterado en enfermedades gastrointestinales.