Asociado con el intestino encontramos un sistema inmunitario local bien desarrollado que depende del establecimiento de una flora microbiana intestinal para su desarrollo. Se requiere que el sistema inmunitario de la mucosa intestinal reconozca y responda “adecuadamente” a diferentes grupos de antígenos con una vigorosa respuesta a patógenos potenciales y que no reaccione exageradamente a antígenos de la dieta que, si no, serían inofensivos. La alta incidencia de reacciones alérgicas a los alimentos y la escasez de vacunas para la mucosa resaltan las dificultades asociadas con el control y la orientación de estas respuestas.